Bộ Công Thương được Chính phủ giao là cơ quan quản lý nhà nước về chứng nhận xuất xứ. Trong đó, Bộ trực tiếp cấp toàn bộ các Form C/O ưu đãi. Bên cạnh đó, Bộ Công Thương có ủy quyền cho một số Ban quản lý khu Công nghiệp và khu chế xuất cấp chứng nhận xuất xứ ATIGA mẫu D đi ASEAN. Đối với toàn bộ chứng nhận xuất xứ không ưu đãi đều do Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam cấp.
Trong thời gian qua, Bộ Công Thương, Phòng Thương mại và công nghiệp Việt Nam đều đẩy mạnh việc cấp chứng nhận xuất xứ điện tử nhằm tạo thuận lợi cho doanh nghiệp và giảm chi phí. Hiện nay, tại Bộ Công Thương đang triển khai Hệ thống chứng nhận xuất xứ điện tử (eCoSys). Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam triển khai Hệ thống khai báo chứng nhận xuất xứ qua mạng.
Theo cam kết, ASEAN sẽ thực hiện Cơ chế một cửa trong khu vực. Thực hiện cơ chế này, các giao dịch hàng hóa XNK giữa các nước trong khu vực sẽ giảm đáng kể thời gian và chi phí. Thực hiện cơ chế ASW sẽ tạo thuận lợi tối đa cho các giao dịch thương mại trong ASEAN bằng cách giảm thời gian và chi phí cho các DN trong khối ASEAN, trong đó có doanh nghiệp Việt Nam. Một trong những dự án đầu tiên và điển hình trong việc xây dựng các dự án thí điểm của ASW là dự án kết nối dữ liệu Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa mẫu D giữa các nước trong khối ASEAN.
Triển khai Kế hoạch tổng thể triển khai Cơ chế một cửa quốc gia và tham gia Cơ chế một cửa ASEAN nhằm góp phần tạo thuận lợi thương mại, tăng thu ngân sách cũng như thực hiện các cam kết trong Hiệp định và Nghị định thư về xây dựng và thực hiện cơ chế một cửa ASEAN. Trong thời gian tới, Bộ Công Thương với vai trò là một trong 3 Bộ, ngành đầu tiên tham gia xây dựng Cơ chế một cửa quốc gia và một cửa ASEAN (gồm Tổng cục Hải quan, Bộ Công thương và Bộ Giao thông Vận tải). Trong đó, Chứng nhận xuất xứ mẫu D là một trong những nội dung chính để đưa vào Hệ thống một cửa quốc gia, làm tiền để cho Hệ thống một cửa ASEAN.
Một trong những chủ trương lớn của Chính phủ là trong thời gian tới tiếp tục đẩy mạnh hiện đại hóa cải cách hành chính, trong đó đẩy mạnh việc ứng dụng công nghệ thông tin vào cải cách hành chính. Các bộ, ngành cần tích cực đẩy mạnh việc triển khai dịch vụ công trực tuyến và hiện đại hóa hành chính tiến tới một nền hành chính phi giấy tờ.